証明書管理ツールで、証明書の登録作業を行っていないことが原因です。
以下の操作を実施してください。

1.　＜スタート＞メニューをクリックします。「すべてのプログラム」を選択し、「証明書管理ユーティリティ」の中の「証明書管理ツール」を起動します。


2.　PIN（暗証番号）を入力後、「OK」ボタンをクリックします。

3.　下記のいずれかの画面が表示されます。（インストールされているソフトウェアのバージョンによって異なります。）
表示された証明書を選択後、「e-Tax用」にチェックいれ「登録」ボタンをクリックします。

4.　下記のいずれかの画面が表示されます。
パソコンへの登録確認です。「はい」をクリックします。


5.　下記のいずれかの画面が表示されます。
登録完了画面が表示され、電子証明書が登録されます。
「OK」ボタンをクリック後、「×印」もしくは「閉じる」ボタンでプログラムを終了します。
以上で作業は終了です。
上記を行っても同じエラーが表示される場合はヘルプデスクまでお問合せください。